Geçen Ocak ayında, New York şehrinin atık suyunda koronavirüsü arayan bir grup araştırmacı, numunelerinde garip bir şey fark etti. Buldukları viral fragmanlar, daha önce insan hastalarda hiç rapor edilmemiş benzersiz bir mutasyon kümesine sahipti – yeni, daha önce tespit edilmemiş bir varyantın potansiyel bir işareti.
Geçen yıl boyunca, bu tuhaf diziler veya bilim adamlarının “şifreli soylar” dediği şey, şehrin atık suyunda ortaya çıkmaya devam etti.
Delta veya Omicron’u geçmeden en az bir yıldır dolaşan soyların insanlar için yüksek bir sağlık riski oluşturduğuna dair hiçbir kanıt yok. Ancak bulguları Perşembe günü Nature Communications’da yayınlanacak olan araştırmacılar, bunların nereden geldikleri konusunda hala bir fikre sahip değiller.
Queensborough Community College’da mikrobiyolog ve yeni makalenin yazarı Monica Trujillo, “Bu noktada, insan veritabanlarında şifreli soyları bulamadığımızı ve her yere baktıklarını söyleyebiliriz” dedi.
Araştırmacıların kendileri, soyların kökenleri konusunda ikiye bölünmüş durumda. Bazıları, virüsün enfeksiyonları dizileme yoluyla yakalanmayan insanlardan geldiği açıklamasına yaslanıyor. Ancak diğerleri, soyların virüs bulaşmış hayvanlardan, muhtemelen şehrin muazzam fare popülasyonundan gelebileceğinden şüpheleniyor. O zaman bile, tercih edilen teori günden güne veya saatten saate değişebilir.
Cevaplar belirsiz kalıyor.
Queens College’da bir virolog ve makalenin yazarı olan John Dennehy, “Kaynağı bulmamızın gerçekten önemli olduğunu düşünüyorum ve bunu tam olarak belirleyemedik” dedi.
John Dennehy’nin Queens College’daki laboratuvarında, koronavirüs parçacıklarına yapışan bağlayıcı ajan nedeniyle siyah renkli filtrelenmiş atık su örnekleri. Kredi… The New York Times için Jackie Molloy
Garip diziler
Aralarında Missouri Üniversitesi’nden bir virolog olan Marc Johnson, Texas A&M Üniversitesi’nden bir mikrobiyolog olan Davida Smyth ve diğerlerinin de bulunduğu araştırmacılar, Haziran 2020’den bu yana New York’taki 14 arıtma tesisinden atık su numunesi alıyorlar. Ocak 2021’de, virüsün çok önemli spike proteini için genin bir kısmına odaklanarak numunelerin hedefli dizilimini yapmaya başladılar.
Bu yaklaşım viral genoma sınırlı bir bakış sağlasa da, araştırmacıların virüsün tipik olarak parçalandığı atık sudan çok fazla veri çıkarmasına olanak tanır.
Araştırmacılar, yeni mutasyon kalıplarına sahip viral fragmanların bir avuç arıtma tesisinde tekrar tekrar ortaya çıktığını buldu. (Şehrin belirli bitkilerini veya bölgelerini açıklayamayacaklarını söylediler.)
New York Şehri Sağlık ve Zihinsel Hijyen Departmanı sözcüsü Michael Lanza, “Bugüne kadar NYC’deki klinik hastalar arasında bu varyantları görmedik” dedi.
Üniversitede bir mikrobiyolog olan Rose Kantor, Berkeley’deki California Üniversitesi’ndeki araştırmacıların bir California kanalizasyonunda benzer dizilimler bulduğunu söyledi.
Dr. Dennehy, “şifreli soyların” uzun süreli sağlık tesislerine kapatılmış insanlardan gelebileceğini tahmin etti, ancak bunu kanıtlayamadı. Kredi… The New York Times için Jackie Molloy
Bilim adamlarının dizilerin nereden geldiğini bulmaya yönelik devam eden arayışları, hem bilim insanlarının virüsün nasıl evrimleştiğine dair sekmeleri tutmasına yardımcı olabilecek atık su gözetiminin potansiyelini hem de ortaya çıkan anormallikleri anlamlandırmanın zorluğunu vurgulamaktadır. karanlık.
Dr. Trujillo, “Sahip olduğumuz şeyin ne olduğunu anlamakta gerçekten zorlandık” dedi.
Soylar, enfeksiyonları tespit edilmeyen veya virüs dizilimi yapılmamış insanlardan gelebilir.
Ancak araştırmacılar, New Yorkluların ve taşıyabilecekleri herhangi bir varyantın, şehirde kısıtlama olmaksızın hareket etme eğiliminde olduğu göz önüne alındığında, aynı birkaç atık su tesisinde ortaya çıkmaya devam etmeleri bu teoriyi daha az olası kılıyor.
Yine de, Dr. Dennehy, dizilerin şehrin sadece birkaç bölgesinde uzun süreli sağlık tesislerine kapatılmış insanlardan gelebileceğini tahmin etti. Ancak bunu kanıtlayamadı.
Dr. Dennehy, “Onu kanalizasyonun çok küçük bir alanına sabitleyebildik,” dedi. “Ve bu bölgelerdeki doktorlara ve hastanelere e-posta gönderdim ve e-postalarıma bir kez bile yanıt alamadım.”
Gerçekten de, bağışıklık sistemlerini tehlikeye atan insanlar virüsle savaşmakta daha fazla zorluk çekebilir ve bu da ona mutasyona uğraması için daha fazla fırsat verir. Pek çok bilim adamı, Omicron’un bağışıklığı baskılanmış bir hastadan ortaya çıktığını teorize ediyor.
Şaşırtıcı bir şekilde, bazı şifreli soylar, Omicron ile aynı mutasyonlardan bazılarına veya aynı konumlardaki mutasyonlara sahiptir. Laboratuvar deneyleri, bu soyların bazı antikorlardan da kaçabileceğini düşündürmektedir.
Araştırmacılar, New York City soylarının, vücudun bazı bağışıklık savunmalarından kaçınmak için aynı tür seçici baskının bir sonucu olabileceğini düşünüyor.
Hayvan kökenli mi?
Missouri Üniversitesi’nde virolog olan Marc Johnson, atık su örneklerini bir santrifüje yükledi. “Bu çok rastgele bir virüs” dedi. “Her türlü türe bulaşabilir.” Kredi… The New York Times için Michael B. Thomas
Öte yandan, bazı bilim adamları, soyların, enfekte bir kişiden sekanslanan en az bir örnekte ortaya çıkmaları gerektiği için yeterince uzun süredir dolaşımda olduğunu söyledi.
Araştırmaya dahil olmayan Michigan Üniversitesi’nden bir virolog olan Dr. Adam Lauring, “Bir kanalizasyonda tespit ettiğiniz bir şeye sahip olmak için, etrafta oldukça fazla bir şeye ihtiyacınız var” dedi.
Missouri virologu Dr. Johnson da aynı fikirde. Dizilerin hayvanlardan, belki de sınırlı bölgelere sahip birkaç spesifik popülasyondan geldiği hipotezini destekliyor. Şehirdeki insan Kovid-19 vakalarının sayısının düşük olduğu 2021 yılının Mayıs ve Haziran aylarında, gizemli soylar atık sudaki viral RNA’nın daha büyük bir bölümünü oluşturuyordu ve bu da bunların insan dışı bir kaynaktan gelmiş olabileceklerini düşündürüyordu.
Araştırmacılar başlangıçta sincaplardan kokarcalara kadar çeşitli potansiyel konukçuları düşündüler. Dr. Johnson, “Bu çok rastgele bir virüs,” dedi. “Her türlü türe bulaşabilir.”
Olasılıkları daraltmak için, virüs saçan herhangi bir hayvanın kendi genetik materyalini de geride bırakabileceğini varsayarak atık sulara geri döndüler.
Bilim adamları, sudaki genetik materyalin büyük bir çoğunluğunun insanlardan gelmesine rağmen, köpeklerden, kedilerden ve sıçanlardan gelen az miktarda RNA’nın da mevcut olduğunu buldular.
Dr. Johnson, şehirde milyonlarca dolaşan fareleri düşünüyor. Laboratuvarında, şifreli dizilerde bulunan aynı mutasyonlara sahip, zararsız, kopyalanmayan virüsler olan psödovirüsler yarattı. Psödovirüslerin hem fare hem de sıçan hücrelerini enfekte edebildiğini buldu. Virüsün orijinal versiyonu kemirgenleri enfekte edemeyecek gibi görünse de Beta gibi bazı diğer varyantlar bulaşabilir.
Dr. Johnson, “Dolayısıyla kendi başına bu çok büyük bir veri değil, ancak en azından kemirgenlerden geldiği fikriyle tutarlı” dedi.
Geçen yazdan bu yana, bilim adamları, yerel sıçanlardan alınan kan ve dışkı örneklerinde virüs belirtileri aramak için ABD Tarım Bakanlığı Hayvan ve Bitki Sağlığı Denetleme Servisi ile birlikte çalışıyorlar. Şimdiye kadar boş çıktılar.
Dr. Dennehy, “Belki de doğru hayvanları vurmuyoruz,” dedi.
Ya da belki de fareler gizemli soyların kaynağı değildir. Bilim adamları, insanların virüsü hayvanlara, özellikle evcil hayvanlara, hayvanat bahçesi hayvanlarına, çiftlik vizonlarına ve sık temas halinde oldukları diğerlerine bulaştırabileceğini defalarca bulmuşlardır. Bu, virüsün mutasyona uğrayabileceği ve insanlara geri geçebileceği bir hayvan rezervuarına yerleşebileceği endişelerini artırdı.
Ancak fareler tipik olarak endişe listesinde üst sıralarda yer almıyor ve virüsün vahşi farelerde dolaştığına dair herhangi bir kanıt da yok. İnsanların fareleri enfekte etme yolu da bilinmiyor.
Dr. Johnson, “Hiçbir şey tam anlamıyla mantıklı değil,” dedi.
Ancak bilim adamları, bir tür hayvansal köken olasılığının devam ettiğini söyledi.
Dr. Lauring, “Bu, insan kökeninden daha makul olmasa da, aynı derecede makul,” dedi.
Böylece arama devam ediyor. Dr. Johnson, yalnızca Omicron olmayan dizileri çoğaltabilen ve soyları tespit etmeyi kolaylaştıracak yeni bir teknik geliştirdi. Ayrıca, diğer eyaletlerden gelen kanalizasyon örneklerinde, kökenlerine dair daha fazla ipucu sağlamaya yardımcı olabilecek benzer soyları aramaya başladı.
“Eninde sonunda öğreneceğiz,” dedi Dr. Johnson.
Geçen yıl boyunca, bu tuhaf diziler veya bilim adamlarının “şifreli soylar” dediği şey, şehrin atık suyunda ortaya çıkmaya devam etti.
Delta veya Omicron’u geçmeden en az bir yıldır dolaşan soyların insanlar için yüksek bir sağlık riski oluşturduğuna dair hiçbir kanıt yok. Ancak bulguları Perşembe günü Nature Communications’da yayınlanacak olan araştırmacılar, bunların nereden geldikleri konusunda hala bir fikre sahip değiller.
Queensborough Community College’da mikrobiyolog ve yeni makalenin yazarı Monica Trujillo, “Bu noktada, insan veritabanlarında şifreli soyları bulamadığımızı ve her yere baktıklarını söyleyebiliriz” dedi.
Araştırmacıların kendileri, soyların kökenleri konusunda ikiye bölünmüş durumda. Bazıları, virüsün enfeksiyonları dizileme yoluyla yakalanmayan insanlardan geldiği açıklamasına yaslanıyor. Ancak diğerleri, soyların virüs bulaşmış hayvanlardan, muhtemelen şehrin muazzam fare popülasyonundan gelebileceğinden şüpheleniyor. O zaman bile, tercih edilen teori günden güne veya saatten saate değişebilir.
Cevaplar belirsiz kalıyor.
Queens College’da bir virolog ve makalenin yazarı olan John Dennehy, “Kaynağı bulmamızın gerçekten önemli olduğunu düşünüyorum ve bunu tam olarak belirleyemedik” dedi.
John Dennehy’nin Queens College’daki laboratuvarında, koronavirüs parçacıklarına yapışan bağlayıcı ajan nedeniyle siyah renkli filtrelenmiş atık su örnekleri. Kredi… The New York Times için Jackie Molloy
Garip diziler
Aralarında Missouri Üniversitesi’nden bir virolog olan Marc Johnson, Texas A&M Üniversitesi’nden bir mikrobiyolog olan Davida Smyth ve diğerlerinin de bulunduğu araştırmacılar, Haziran 2020’den bu yana New York’taki 14 arıtma tesisinden atık su numunesi alıyorlar. Ocak 2021’de, virüsün çok önemli spike proteini için genin bir kısmına odaklanarak numunelerin hedefli dizilimini yapmaya başladılar.
Bu yaklaşım viral genoma sınırlı bir bakış sağlasa da, araştırmacıların virüsün tipik olarak parçalandığı atık sudan çok fazla veri çıkarmasına olanak tanır.
Araştırmacılar, yeni mutasyon kalıplarına sahip viral fragmanların bir avuç arıtma tesisinde tekrar tekrar ortaya çıktığını buldu. (Şehrin belirli bitkilerini veya bölgelerini açıklayamayacaklarını söylediler.)
New York Şehri Sağlık ve Zihinsel Hijyen Departmanı sözcüsü Michael Lanza, “Bugüne kadar NYC’deki klinik hastalar arasında bu varyantları görmedik” dedi.
Üniversitede bir mikrobiyolog olan Rose Kantor, Berkeley’deki California Üniversitesi’ndeki araştırmacıların bir California kanalizasyonunda benzer dizilimler bulduğunu söyledi.
Dr. Dennehy, “şifreli soyların” uzun süreli sağlık tesislerine kapatılmış insanlardan gelebileceğini tahmin etti, ancak bunu kanıtlayamadı. Kredi… The New York Times için Jackie Molloy
Bilim adamlarının dizilerin nereden geldiğini bulmaya yönelik devam eden arayışları, hem bilim insanlarının virüsün nasıl evrimleştiğine dair sekmeleri tutmasına yardımcı olabilecek atık su gözetiminin potansiyelini hem de ortaya çıkan anormallikleri anlamlandırmanın zorluğunu vurgulamaktadır. karanlık.
Dr. Trujillo, “Sahip olduğumuz şeyin ne olduğunu anlamakta gerçekten zorlandık” dedi.
Soylar, enfeksiyonları tespit edilmeyen veya virüs dizilimi yapılmamış insanlardan gelebilir.
Ancak araştırmacılar, New Yorkluların ve taşıyabilecekleri herhangi bir varyantın, şehirde kısıtlama olmaksızın hareket etme eğiliminde olduğu göz önüne alındığında, aynı birkaç atık su tesisinde ortaya çıkmaya devam etmeleri bu teoriyi daha az olası kılıyor.
Yine de, Dr. Dennehy, dizilerin şehrin sadece birkaç bölgesinde uzun süreli sağlık tesislerine kapatılmış insanlardan gelebileceğini tahmin etti. Ancak bunu kanıtlayamadı.
Dr. Dennehy, “Onu kanalizasyonun çok küçük bir alanına sabitleyebildik,” dedi. “Ve bu bölgelerdeki doktorlara ve hastanelere e-posta gönderdim ve e-postalarıma bir kez bile yanıt alamadım.”
Gerçekten de, bağışıklık sistemlerini tehlikeye atan insanlar virüsle savaşmakta daha fazla zorluk çekebilir ve bu da ona mutasyona uğraması için daha fazla fırsat verir. Pek çok bilim adamı, Omicron’un bağışıklığı baskılanmış bir hastadan ortaya çıktığını teorize ediyor.
Şaşırtıcı bir şekilde, bazı şifreli soylar, Omicron ile aynı mutasyonlardan bazılarına veya aynı konumlardaki mutasyonlara sahiptir. Laboratuvar deneyleri, bu soyların bazı antikorlardan da kaçabileceğini düşündürmektedir.
Araştırmacılar, New York City soylarının, vücudun bazı bağışıklık savunmalarından kaçınmak için aynı tür seçici baskının bir sonucu olabileceğini düşünüyor.
Hayvan kökenli mi?
Missouri Üniversitesi’nde virolog olan Marc Johnson, atık su örneklerini bir santrifüje yükledi. “Bu çok rastgele bir virüs” dedi. “Her türlü türe bulaşabilir.” Kredi… The New York Times için Michael B. Thomas
Öte yandan, bazı bilim adamları, soyların, enfekte bir kişiden sekanslanan en az bir örnekte ortaya çıkmaları gerektiği için yeterince uzun süredir dolaşımda olduğunu söyledi.
Araştırmaya dahil olmayan Michigan Üniversitesi’nden bir virolog olan Dr. Adam Lauring, “Bir kanalizasyonda tespit ettiğiniz bir şeye sahip olmak için, etrafta oldukça fazla bir şeye ihtiyacınız var” dedi.
Missouri virologu Dr. Johnson da aynı fikirde. Dizilerin hayvanlardan, belki de sınırlı bölgelere sahip birkaç spesifik popülasyondan geldiği hipotezini destekliyor. Şehirdeki insan Kovid-19 vakalarının sayısının düşük olduğu 2021 yılının Mayıs ve Haziran aylarında, gizemli soylar atık sudaki viral RNA’nın daha büyük bir bölümünü oluşturuyordu ve bu da bunların insan dışı bir kaynaktan gelmiş olabileceklerini düşündürüyordu.
Araştırmacılar başlangıçta sincaplardan kokarcalara kadar çeşitli potansiyel konukçuları düşündüler. Dr. Johnson, “Bu çok rastgele bir virüs,” dedi. “Her türlü türe bulaşabilir.”
Olasılıkları daraltmak için, virüs saçan herhangi bir hayvanın kendi genetik materyalini de geride bırakabileceğini varsayarak atık sulara geri döndüler.
Bilim adamları, sudaki genetik materyalin büyük bir çoğunluğunun insanlardan gelmesine rağmen, köpeklerden, kedilerden ve sıçanlardan gelen az miktarda RNA’nın da mevcut olduğunu buldular.
Dr. Johnson, şehirde milyonlarca dolaşan fareleri düşünüyor. Laboratuvarında, şifreli dizilerde bulunan aynı mutasyonlara sahip, zararsız, kopyalanmayan virüsler olan psödovirüsler yarattı. Psödovirüslerin hem fare hem de sıçan hücrelerini enfekte edebildiğini buldu. Virüsün orijinal versiyonu kemirgenleri enfekte edemeyecek gibi görünse de Beta gibi bazı diğer varyantlar bulaşabilir.
Dr. Johnson, “Dolayısıyla kendi başına bu çok büyük bir veri değil, ancak en azından kemirgenlerden geldiği fikriyle tutarlı” dedi.
Geçen yazdan bu yana, bilim adamları, yerel sıçanlardan alınan kan ve dışkı örneklerinde virüs belirtileri aramak için ABD Tarım Bakanlığı Hayvan ve Bitki Sağlığı Denetleme Servisi ile birlikte çalışıyorlar. Şimdiye kadar boş çıktılar.
Dr. Dennehy, “Belki de doğru hayvanları vurmuyoruz,” dedi.
Ya da belki de fareler gizemli soyların kaynağı değildir. Bilim adamları, insanların virüsü hayvanlara, özellikle evcil hayvanlara, hayvanat bahçesi hayvanlarına, çiftlik vizonlarına ve sık temas halinde oldukları diğerlerine bulaştırabileceğini defalarca bulmuşlardır. Bu, virüsün mutasyona uğrayabileceği ve insanlara geri geçebileceği bir hayvan rezervuarına yerleşebileceği endişelerini artırdı.
Ancak fareler tipik olarak endişe listesinde üst sıralarda yer almıyor ve virüsün vahşi farelerde dolaştığına dair herhangi bir kanıt da yok. İnsanların fareleri enfekte etme yolu da bilinmiyor.
Dr. Johnson, “Hiçbir şey tam anlamıyla mantıklı değil,” dedi.
Ancak bilim adamları, bir tür hayvansal köken olasılığının devam ettiğini söyledi.
Dr. Lauring, “Bu, insan kökeninden daha makul olmasa da, aynı derecede makul,” dedi.
Böylece arama devam ediyor. Dr. Johnson, yalnızca Omicron olmayan dizileri çoğaltabilen ve soyları tespit etmeyi kolaylaştıracak yeni bir teknik geliştirdi. Ayrıca, diğer eyaletlerden gelen kanalizasyon örneklerinde, kökenlerine dair daha fazla ipucu sağlamaya yardımcı olabilecek benzer soyları aramaya başladı.
“Eninde sonunda öğreneceğiz,” dedi Dr. Johnson.